Un toit vert de type intensif nécessitera autant d’entretien qu’un aménagement au sol. L’entretien dépend du type de plantes qui y sont installées. Un jardin potager sur un toit aura par exemple les mêmes exigences qu’un jardin au sol. De plus, il faut garder à l’esprit que les végétaux sur un toit vert seront totalement exposés au soleil et au vent, ce qui demande des conditions hydriques plus exigeantes pour les plantes et un entretien en conséquence.

Un toit vert de type extensif demandera moins d’attention. Les toits extensifs sont conçus pour un entretien minimal. Comme le recouvrement est fait de matériel vivant, il faudra s’assurer de temps à autre que les végétaux sont en bon état. Par période chaude et sèche, il est bon de prévoir un arrosage pour que les plantes ne sèchent pas complètement, tout particulièrement pendant la première année d’existence du toit. Le vent amène aussi des semences d’espèces pouvant atterrir sur le toit, il est bien d’effectuer un désherbage, de 3 à 6 fois par année, pour empêcher les plantes qui pourraient être nuisibles, c’est-à-dire qui pourraient endommager la membrane du toit avec leurs racines (comme les arbres). Cela dit, le même genre d’entretien devrait être fait sur une toiture normale, sur laquelle les semences d’arbres ont tendance à s’installer dans les drains.